Кладбище открылось в тысяча семьсот восемьдесят четвертом году по приказу Его Величества Иосифа Второго, что запрещал хоронить бедных в городских стенах. По его указанию усопших хоронили без гробов, бросив общую могилу, рассчитанную на пятерых одновременно. С самого начала кладбище Сан-Марка классифицировалось неэлетарным, потому что оно было предназначено для бедняков. Это можно было определить по заголовку кладбища, какое оно унаследовало от соседнего дома престарелых с тем же названием.
В тридцатые годы 19 столетия, когда мегаполис развивался и некрополь вошел на его владения, престиж кладбища возрос и там оправляли в последний путь людей разных социальных уровней, также и дворян. Но уже в тысяча восемьсот семьдесят четвертом процедура захоронения на территории Святого Марка прекратились, а в тридцать седьмом году двадцатого века могилки официально открыли для туризма.
Вольфганга Амадея Моцарта похоронили 6-го декабря 1791 года на этом же кладбище, но не отдельно, а в общей могиле, где лежали бродяги и нищие, так как он не был достойным представителем общества того времени. Очень долго никто не знал местонахождение захоронения музыкального гения и великого композитора. Через восемнадцать лет его жена Констанца впервые посетила кладбище, но даже не нашла место, а все, кто знал, где находится могила, давно умерли. Только в 1859 году нашелся чертеж захоронений, который помог определить примерное расположение могилы Моцарта.

В то же время на месте захоронения поставили памятник из мрамора, который сделал Гассер. В 1891 году, на столетие смерти гения, памятник перенесли в музыкальный уголок Венского Центрального кладбища, что повлекло за собой риск утраты точного расположения могилы. Во избежание этого, Хранитель Святого Маркса Александр Крюгер создал своими руками небольшой памятник из всевозможных остатков древних надгробных плит. Оригинал творения Гассера вернули на старое место.
Ритуальные услуги «Память»